恶性淋巴癌的病因十分复杂，常见的病因有：
    病毒感染：胃恶性淋巴瘤的病因尚不清楚，有学者认为可能于某些病毒的感染有关;恶性淋巴瘤病人被发现有细胞免疫功能的低下，故推测可能在某些病毒的感染下，出现细胞免疫功能的紊乱和失调而导致发病，另外，胃淋巴瘤起源于黏膜下或黏膜固有层的淋巴组织，该处组织不暴露于胃腔，不直接与食物中的致癌物质接触，因此其发病原因与胃癌不同，因而更可能与全身性因素引起胃局部淋巴组织的异形增生有关。
    幽门螺杆菌感染：近年来胃恶性淋巴瘤与幽门螺杆菌(Hp)感染的关系受到广泛关注，Parsonnet等发现胃恶性淋巴瘤，包括胃黏膜相关性淋巴样组织(mucosa-associated lymphoid tissue，MALT)患者其HP感染率为85%，而对照组仅为55%，提示Hp感染与胃淋巴瘤的发生相关，临床微生物学与组织病理学研究表明胃黏膜MALT的获得是由于Hp感染后机体免疫反应的结果，Hp的慢性感染状态刺激了黏膜内淋巴细胞聚集，由此而引发的一系列自身免疫反应激活免疫细胞及其活性因子如IL-2等造成了胃黏膜内淋巴滤泡的增生，为胃淋巴瘤的发生奠定了基础。
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